要するに
GoogleやRedHatが推しているのがKubernetesでAppleやTwitterが推しているんがMesos
です。
できることには大差ないですが、現在のスタンダードはKubernetesです。個人的には独自形式ではなくyamlを採用するK8sの方がとっつきやすいですが、どちらもOSSなので好きに試すことも可能です。
違いとして、コンテナを展開する際にKubernetesではレプリカセットやポッド、サービスやデプロイメントの組み合わせです。
が、Mesosではn-aryツリー、ブランチ、リーフとしてモデル化されているので用語が異なります。
どちらもコンテナを管理するという目的で作られているオーケストレーションツールですが、強いて言えばMesosは分散型のアーキテクチャを採用しているのでHadoopのような分散処理システムと相性がいい模様。このオーケストレーション戦争は現状はKubernetesの一強ですが、5年後はどうなることやら。楽しみです。