Connect using EC2 Instance Connect Endpointで入れる
rootユーザですが、パスワードを設定していたとしてもEC2 Instance Connect Endpoint経由で入るとパスワードなしでログインできてしまいます。rootを切り替え以外でのログイン禁止にしたい場合はSSHで止めます。このInstance Connectも実態はSSHなので。
PermitRootLogin no
と記載した上で落とし上げすると
# systemctl restart sshd.service
ログインができなくなります。
具体的には繋ぎにいこうとすると
Failed to connect to your instance Error establishing SSH connection to your instance. Try again later.
というエラーになります。