（Cygwin）デフォルトではsshが入っていないので勝手にWindowsのSSHを使おうとする

入っていない

which sshと打つと分かりますが、基本はWindowsに入っているSSHを使おうとします。
別にそれでもいいんですが、パスワード認証ではなく鍵認証をしようとすると権限エラーで怒られたりします。

それが面倒なのでsetup-x86_64を起動して openssh をインストール。

$ which ssh
/usr/bin/ssh

パスが通るようになるのでこちらが優先的に利用されます。